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por el momento solo tengo un sistema operativo xp, como no tengo mucho experiencia en eso de particionar, de manejar varios sistemas operativos en la misma maquina estoy probando

tengo una particion C y una D las dos con el mismo xp

a todos los archivos y carpetas que tengo en C puedo entrar cuando inicio desde la particion D
desde el supuesto segundo sistema operativo que tengo
- puedo instalar y ejecutar desde lo que esta en C

y cuando inicio en C lo mismo veo D como una unidad mas

.

realmente me da igual desde que particion acceda a mis archivos pero entonces

la unica diferencia es que ahora tengo dos registros del sistema distintos ?
y no importa si formateo C lo que esta en D no corre nigun preligro ?

Tienes un sistema operativo en cada partición y cada sistema tiene su registro.
Si formateas C: no haces nada en D:, ahora bien, el boot.ini y el ntldr los tienes en C:, si formateas C: no podrás iniciar el sistema operativo de D:.

ya que estamos hablando de archivos de sistema

cual es la funcion de boot.ini y ntldr

he buscado esos archivos y esto fue lo que encontre

C:\ntdlr
C:\boot.ini
C:\WINDOWS\pss\boot.ini.backup
D:\WINDOWS\pss\boot.ini.backup

y tambien que tienen de especial estos archivos si archivos de sistema hay otros mas

El ntldr es el NT Loader, es lo que carga y muestra el menú para iniciar el sistema operativo o elegir con que sistema operativo vas a iniciar.
El boot.ini contiene la configuración del menú del ntldr. Se puede usuar para iniciar desde el disco duro primario o desde un disquette.