Regedit, que viene preinstalado con Windows, es una utilidad esencial para navegar y editar el Registro. Pero hay una gran cantidad de herramientas freeware y shareware diseñadas para ello que pueden, incluso, sustituir a Regedit.
Acá intenté recoger algunos editores y utilidades alternativas.

Regseeker

RegSeeker es un potente limpiador del registro que te muestra una gran cantidad de información sobre tu sistema. Entre otras cosas podrás ver tus aplicaciones del inicio, historiales varios, aplicaciones instaladas, etc.Con RegSeeker puedes buscar por cualquier ítem dentro del registro, exportar o borrar los resultados y abrirlos en el registro.Además incluye una herramienta para buscar archivos duplicados, enlaces directos inválidos, un panel repleto de posibilidades con las que permite optimizar tu sistema (Tweaks), y mucho más.
En el foro nuestro compañero Patomas creó un manual muy completo y comprensible, donde explíca paso a paso todas las funciones de Regseeker.

Regedit Extensions

Es una herramienta de freeware que mejora el Editor del Registro de Windows y Registry Crawler. Es especialemnte útil cuando editás las mismas claves de registro de forma repetida. Añade nuevos botones para comendos de uso frecuente de Regedit. Un cuadro de diálogo guarda un historial de las claves que has visitado y permite una navegación rápida a estas claves.El diálogo te permite copiar, cortar y pegar claves a el y desde el portapapeles.

Registry Crawler

Es un complemento del Regedit de Windows que mejora este editor con una potente y rapida característica de busqueda y sustitución.Te permite incluso hacer operaciones de búsqueda y sustitución en varios ordenadores simultáneamente. De forma alternativa podés exportar los resultados de la búsqueda a un archivo .REG.

Regcleaner

Es una potente herramienta de análisis y limpieza del Registro, archivos DLL en desuso y objetos del menú Inicio. Podés hacer que la herramienta elimine automáticamente las claves del Registro y entradas no válidas o comenzar un proceso manual de limpieza.

Easy Cleaner

Es un conjunto de utilidades para la limpieza del Registro, para borrar archivos duplicados y en desuso y para eliminar entradas del menú de Inicio. La herramienta elimina entradas de software y entradas en el Panel de Control.

RegistryProt

Es una aplicación autónoma de control y protección del registro. Te avisa cuando se cambia o añade una clave y te dá la oportunidad de aceptar el cambio.
RegistryProt ofrece una protección contra troyanos bastante fiable.

Registry Toolkit

Te permite realizar operaciones de búsqueda y sustitución complejas.
Existe una función de navegación para desplazarte por el Registro y seleccionar un punto de partida para la operación de busqueda. Todos los cambios son guardados en un historial y pueden deshacerse facilmente.
Una característica de previsualización te permite ver por adelantado qué efecto tendrá un determinado cambio, tal como una busqueda o sustitución.

Los administradores de redes pueden usar este conjunto de herramientas para editar el Registro de forma remota, siempre que tengan derechos de acceso.

Regmon

Es una herramienta pequeña que controla y muestra en pantalla las actividades del Registro. Muestra en tiempo real que aplicación está accediendo al registro en ese momento y qué datos lee o escribe la aplicación para qué clave del registro.