Mmm...

no se si entendi bien pero podrias intentar esto:
Si el disco duro lo tienes como esclavo en tu maquina y tienes sistema operativo win xp: has lo siguiente:
selecciona mi pc da click derecho elige la opción Administrar, luego la opción Almacenamiento (doble click), ahi eliges Administración de disco (local) te mostrara los dicos duros y sus particiones, ubica el disco duro correspondiente y las particiones que quieres eliminar seleccionalas y dale click derecho y elige eliminar, al hacerlo te aparecera como una unidad logica sin formato si la vuelves a seleccionar y le vuelves a dar click derecho te dara la opcion de dar formato, acontinuacion sigue los pasos y listo (para que no te compliques al hacerlo solo vas aceptando).
si ya lo tienes en la maquina en el cual tu disco duro va a estar funcionando, al instalar tu sistema operativo, despues de aceptar el contrato de licencia, te mostra las particiones que tiene el disco duro, preguntandote en que particion lo vas a instalar, pero tambien te da la opcion de eliminar la particion, y una vez que la eliminas te vuelve a dar la opcion de crear una nueva particion, tamaño y el sistema de archivos que quieras (fat32, ntfs) en la unidad logica que te queda despues de eliminar la particion o particiones.
en ambos casos deberías escoger como sistema de archivos el ntfs
