Hola.
Tener un buen firewall en tu caso es complicado porque si vos mismo no podes interpretar algunas de las notificaciones que te da el mismo qué esperas que hagan los usuarios que ni siquiera saben lo que es un firewall?

cuando le aparecen esas advertencias.
En un punto planteaste la posibilidad de que te aparezcan solo a vos los mensajes. Quizá se pueda lograr bloqueando la aplicación del Comodo que se encarga de mostrar los PopUps o directamente la interfaz gráfica del mismo para que nunca le aparezcan las notificaciones a las demás pc's. Eso lo podes hacer bloqueándo la interfaz desde las Directivas de Seguridad Local y creando una nueva regla (es fácil y si queres te indico cómo, pero primero considerá lo que te voy a decir ahora).
Ok, suponé que bloqueas la interfaz gráfica a las demás máquinas. Si vos por alguna razón no estás por unos momentos y el firewall da una advertencia; en las demás máquinas nadie va a saber que el firewall dio un aviso y hasta tanto vos no tomes una decisión el usuario no va a tener acceso a la acción que quiera realizar.
Yo
en tu caso no usaría el módulo de Defensa Proactiva ya que te va a traer más problemas que los que pueda causar otro relacionado a seguridad. Quizá podés poner el módulo en el nivel más bajo, pero aun así no lo recomiendo.
Con respecto a los programas P2P te va a ralentizar algo, más aun si no abris los puertos debidos para la aplicación P2P en el firewall.
Bueno si te ralentiza otras cosas como juegos y la carga de videos flash ya no te parece que se suman demasiados problemas?
Consejo

: en tu caso no dudaría en usar el Firewall de Windows u otro no muy potente pero que no perturbe el funcionamiento del sistema + un buen AV; quizá tengas algún "problemita" en cuanto a seguridad pero no vas a estar perdiendo tiempo en problemas agoviantes.
No creas que por usar Comodo u otro firewall bueno tu sistema va a estar a la diestra de Dios, en tu caso no creo que necesites proteger datos tan importantes como cuentas bancarias, algún tipo claves importantes, etc.. Además lo más importante es tener el AV bien actualizado y, si bien el firewall es importante no hay que dramatizar y entender que no es ni impenetrable ni tan decisivo como el AV.
Saludos.