Lo del Msn es raro porque cuando lo abriste si le diste permiso con el Firewall debería conectarte y que no te puedas conectar con el Opera es más raro todavía ya que con un par de permisos que le das cuando te avisa ya queda guardada la regla para esa aplicación. No se qué habrás hecho; le habrás negado el permiso de conexión?

Soy de los que pienso que cuando uno no se adapta a un determinado Firewall a veces es conveniente probar otro si es que no se tiene paciencia o definitivamente no nos cae bien la forma que tiene para configurarlo, por más bueno que sea.
Yo usé el Comodo 3 y no me gusta el aspecto que tiene para configurarlo; al principio se me hizo enredadizo pero en un par de días me acostumbré. Igualmente me cansé de configurarlo para que me deje usar el Ares y las pocas veces que me conectaba me bajaba a una velocidad casi nula, con los puertos abiertos. Al tiempo me trajo algunos problemas y por eso lo saqué. Como Firewall está catalogado como excelente, y no dudo que lo sea.
Mirá no creo que haya alguien que te vaya a explicar paso a paso mejor de lo que está explicado en este tutorial, que a propósito lo han mencionado varias veces en este foro:
Comodo Firewall: Manual de configuración de Comodo Firewall » Soft Zone : Blog sobre Software con tutoriales de ayuda y noticias
Para poder usar el Msn y el Opera definilos como aplicaciones seguras como te explica en el tutorial, que es sencillo.
Si definiste al MSN como una aplicación segura y todavía no te abre abrí los puertos 6901 TCP y 6901 UDP. También podés abrir estos 6891 a 6900 TCP si vas a intercambiar archivos. Para mensajes este 1863 TCP.
Mi consejo es que si no te sabes adaptar a un Firewall pensá que hay buenas alternativas que quizás sean de menor calidad, pero es mejor perder un poco de calidad y saber cómo trabajar un firewall que tenerlo activado y sin saber qué hacer o qué hace.
Si lo tenés en inglés y lo queres pasar a español acá te dejo el link con los archivos de traducción (lo hizo un forista de Softonic, yo solo subí la traducción a mediafire porque el enlace ya era inválido):
Traducción de Comodo al español.rar