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Parece que se ha solucionado todo, llevo ya una hora de navegación y varios resets para hacer la prueba definitiva y creo que no se ha vuelto a reproducir, he tenido que pasar 4 veces el regseeker, no hacía mas que encontrarme errores en el registro.
Sensacional, muchas gracias chicos, en el caso de que vuelva a aprecer el maldito troyano conseguiré apañarme, no es difícil.

Por cierto, ni a tiros con el Adobe Reader 6.0.1, y eso que lo he intentado reinstalar con versiones anteriores. Menuda lata, voy a desistir,la versión 5.0 que se queda instalada en otra carpeta dentro de c:\archivos de programa\acrobat\reader 5.0 si que funciona y me dice cada vez que lo inicio que la función de ver documentos a través de explorer está deshabilitada y que le de a OK si quiero reactivarlo, pero siempre me lo dice; a lo mejor pueden ir por ahí los tiros.

Una vez mas, gracias por haberme ayudado; es agradable encontrar amigos en internet que echan una manilla desinteresadamente. Se os debe unas cervezas..