OK, pensemos que tu USB fue infectada por algun virus (amvo o que se yo) y oculto tus archivos, realiza lo siguiente:

mi pc>herramientas>opciones de carpeta>ver>mostrar archivos y carpetas ocultos,(que supongo ya lo habias hecho) ahora te desplazas hasta abajo y encontraras una casilla que dice "ocultar archivos protegidos del sistema operativo" desactivala y revisa si aparecen, en caso contrario deberemos utilizar la opcion de un recuperador. (al finalizar recuerda activar de nuevo la casilla puesto que podrias borrar un archivo protegido)

otra es inicio>ejecutar y escribes: cmd presionas enter y se abre la ventana negra ahi escribes la letra de la unidad de tu USB (Ej: E:) y una vez que se abra el directorio escribes dir /a y presionas enter, ahi te apareceran todos los archivos que se encuentren en tu USB.
prueba y me comentas los resultados por favor...