Pues si se elimina,se suprime el fichero infectado del sistema,mientras que si se mete en cuarentena,el antivirus lo "encripta" y no se puede ejecutar,y en cualquier momento puedes restaurar el fichero a la ubicacion donde estaba,puesto que a veces,el antivirus detecta como virus un fichero legitimo,como un documento de word que es importante por ejemplo y en vez de eliminarlo,lo conservas en cuarentena.
Yo te recomiendo que si quieres configurar tu antivirus,marca como mover a la cuarentena,te ahorrara mas de un susto
Si tienes mas dudas preguntaa que para eso estamos.
Saludos!