La versión gratuita te instala 3 o 4 adware/spyware, en la versión comercial no. Se pueden quitar desde Agregar o quitar programas, desinstalando las aplicaciones "afiliadas".

Ahora están pensando de darle más prioridad a los clientes comerciales en la red ed2k, para así poder quitar el adware de la versión gratuita.

De todas formas hay versiones libres de eDonkey2000 o Overnet que no tienen, al estilo del KaZaA y el KaZaA Lite. O también puedes usar otros clientes para esa red como eMule, Lphant, amule, xmule...