Bueno, vamos a ver, un sector de arranque es el primer software que se carga en el pc, y puedes encontrar un secor de arranque tanto en un disco duro, como en un CD, como en un disco flexible o disquete.
Así que seguramente ese segundo sector de arranque que ha escaneado el antivirus sea la unidad de cd o de disquete.
Normalmente los antivirus te dan opción a que excogas que sectores deseas analizar, aunque en el caso de BitDefender Online, creo que directamente analiza todos los sectores por defecto.
Así que no le des mucha importancia a ese hecho.
Descarga
MWAV.exe y déjanos un reporte de esta herramienta a ver si muestra algo. Copia sólo las entradas reconocidas como infectadas.
Saludos