Normalmente Windows no borra el espacio que tienen asignado en el disco,y para ello el TuneUp tiene una herramienta,el TuneUp Shredder.
Creo que para limpiar tu disco duro basta con que pases el Cclener(a poder ser con el Antivirus desactivado.
Limpia el registro y con el TuneUp desfragmenta el registro