Muchas gracias por la respuesta.

Como tenia la urgencia de encontrar una solución, y tras visitar varios posts con problemas similares, me decidi a desinfectar siguiendo los pasos que dabais en respuesta a un problema similar, que eran:

En modo seguro y desactivando la restauración, ejecutar:

1.- VundoFix
2.- Superantispyware
3.- Malwarebytes

Reiniciar en modo normal y pasar el CCleaner.

Previamente, Spybot parecía que habia conseguido borrar el Virtumonde, y de hecho VundoFix no encontro ningún problema. Al pasar Malwarebytes, generó el siguiente reporte:

******************

Malwarebytes' Anti-Malware 1.12
Versión de la Base de Datos: 743

Tipo de examen : Examen Completo (C:\|)
Objetos examinados: 194986
Tiempo transcurrido: 3 hour(s), 8 minute(s), 59 second(s)

Procesos en Memoria Infectados: 0
Módulos en Memoria Infectados: 0
Claves del Registro Infectadas: 14
Valores del Registro Infectados: 1
Elementos de Datos del Registro Infectados: 0
Carpetas Infectadas: 0
Ficheros Infectados: 1

Procesos en Memoria Infectados:
(No se han detectado elementos maliciosos)

Módulos en Memoria Infectados:
(No se han detectado elementos maliciosos)

Claves del Registro Infectadas:
HKEY_CLASSES_ROOT\Interface\{04a38f6b-006f-4247-ba4c-02a139d5531c} (Adware.Minibug) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_CLASSES_ROOT\Typelib\{3c2d2a1e-031f-4397-9614-87c932a848e0} (Adware.Minibug) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_CLASSES_ROOT\minibugtransporter.minibugtransp orterx (Adware.Minibug) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID\{2b96d5cc-c5b5-49a5-a69d-cc0a30f9028c} (Adware.Minibug) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_CLASSES_ROOT\minibugtransporter.minibugtransp orterx.1 (Adware.Minibug) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\affri (Malware.Trace) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\affltid (Malware.Trace) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_CLASSES_ROOT\WR (Malware.Trace) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\affltid (Malware.Trace) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\affri (Malware.Trace) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\MS Juan (Malware.Trace) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\RemoveRP (Trojan.Vundo) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_CURRENT_USER\Software\The Weather Channel (Adware.Hotbar) -> Quarantined and deleted successfully.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curr entVersion\Uninstall\Weather Services (Adware.Hotbar) -> Quarantined and deleted successfully.

Valores del Registro Infectados:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curr entVersion\Control Panel\Cpls\wxfw.dll (Adware.Hotbar) -> Quarantined and deleted successfully.

Elementos de Datos del Registro Infectados:
(No se han detectado elementos maliciosos)

Carpetas Infectadas:
(No se han detectado elementos maliciosos)

Ficheros Infectados:
C:\Archivos de programa\Archivos comunes\Real\WeatherBug\MiniBugTransporter.dll (Adware.Minibug) -> Quarantined and deleted successfully.

*****************



Tras reiniciar y pasar el CCleaner, no he vuelto a tener problemas con las ventanas emergentes, aunque el sistema perece que va todavía un poco lento. El log de Hijackthis despues de realizar las operaciones descritas es el siguiente:

********************

Logfile of Trend Micro HijackThis v2.0.2
Scan saved at 17:29:22, on 13/05/2008
Platform: Windows XP SP2 (WinNT 5.01.2600)
MSIE: Internet Explorer v7.00 (7.00.6000.16640)
Boot mode: Normal

Running processes:
C:\WINDOWS\System32\smss.exe
C:\WINDOWS\SYSTEM32\winlogon.exe
C:\WINDOWS\system32\services.exe
C:\WINDOWS\system32\lsass.exe
C:\WINDOWS\system32\svchost.exe
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\pavsrv51.exe
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\AVENGINE.EXE
C:\WINDOWS\system32\svchost.exe
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\TPSrv.exe
C:\WINDOWS\system32\spoolsv.exe
C:\Archivos de programa\Bonjour\mDNSResponder.exe
C:\WINDOWS\system32\drivers\KodakCCS.exe
C:\Archivos de programa\Pinnacle\MediaServer\Microsoft SQL Server\MSSQL$PINNACLESYS\Binn\sqlservr.exe
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\PsCtrls.exe
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\PavFnSvr.exe
C:\Archivos de programa\Archivos comunes\Panda Software\PavShld\pavprsrv.exe
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\AntiSpam\pskmssvc.exe
C:\WINDOWS\system32\PSIService.exe
c:\archivos de programa\panda software\panda internet security 2007\firewall\PSHOST.EXE
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\PsImSvc.exe
C:\WINDOWS\System32\ScsiAccess.EXE
C:\WINDOWS\system32\slserv.exe
C:\WINDOWS\System32\svchost.exe
C:\WINDOWS\system32\Tablet.exe
C:\Documents and Settings\Juan Perez\Datos de programa\DATA BECKER\Maximum Protection Blindata\US30Service.exe
C:\WINDOWS\Explorer.EXE
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\ApvxdWin.exe
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\SRVLOAD.EXE
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\WebProxy.exe
C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\PavBckPT.exe
C:\ati-cpanel\atiptaxx.exe
C:\Archivos de programa\Logitech\iTouch\iTouch.exe
C:\WINDOWS\system32\wuauclt.exe
C:\WINDOWS\SOUNDMAN.EXE
C:\Archivos de programa\Logitech\MouseWare\system\em_exec.exe
C:\WINDOWS\Dit.exe
C:\WINDOWS\system32\ctfmon.exe
C:\Archivos de programa\HP\Digital Imaging\bin\hpqtra08.exe
C:\WINDOWS\system32\Wtablet\TabUserW.exe
C:\Archivos de programa\Yahoo!\Messenger\ymsgr_tray.exe
C:\Archivos de programa\Trend Micro\HijackThis\HijackThis.exe

R1 - HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Int ernet Settings,ProxyOverride = localhost;*.local
R0 - HKCU\Software\Microsoft\Internet Explorer\Toolbar,LinksFolderName = Vínculos
O2 - BHO: AcroIEHlprObj Class - {06849E9F-C8D7-4D59-B87D-784B7D6BE0B3} - C:\Archivos de programa\Adobe\Acrobat 5.0\Reader\ActiveX\AcroIEHelper.ocx
O2 - BHO: Spybot-S&D IE Protection - {53707962-6F74-2D53-2644-206D7942484F} - C:\ARCHIV~1\SPYBOT~1\SDHelper.dll
O2 - BHO: SSVHelper Class - {761497BB-D6F0-462C-B6EB-D4DAF1D92D43} - C:\Archivos de programa\Java\jre1.6.0_01\bin\ssv.dll
O4 - HKLM\..\Run: [ATIPTA] C:\ati-cpanel\atiptaxx.exe
O4 - HKLM\..\Run: [zBrowser Launcher] C:\Archivos de programa\Logitech\iTouch\iTouch.exe
O4 - HKLM\..\Run: [Logitech Utility] Logi_MwX.Exe
O4 - HKLM\..\Run: [SoundMan] SOUNDMAN.EXE
O4 - HKLM\..\Run: [APVXDWIN] "C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\APVXDWIN.EXE" /s
O4 - HKLM\..\Run: [SCANINICIO] "C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\Inicio.exe"
O4 - HKLM\..\Run: [Dit] Dit.exe
O4 - HKCU\..\Run: [CTFMON.EXE] C:\WINDOWS\system32\ctfmon.exe
O4 - HKCU\..\Run: [Yahoo! Pager] "C:\Archivos de programa\Yahoo!\Messenger\YahooMessenger.exe" -quiet
O4 - HKCU\..\Run: [SpybotSD TeaTimer] C:\Archivos de programa\Spybot - Search & Destroy\TeaTimer.exe
O4 - HKCU\..\RunOnce: [SpybotDeletingD9186] cmd /c del "C:\WINDOWS\system32\didexflm.dll_old"
O4 - HKUS\S-1-5-19\..\Run: [CTFMON.EXE] C:\WINDOWS\System32\CTFMON.EXE (User 'SERVICIO LOCAL')
O4 - HKUS\S-1-5-20\..\Run: [CTFMON.EXE] C:\WINDOWS\System32\CTFMON.EXE (User 'Servicio de red')
O4 - HKUS\S-1-5-18\..\Run: [CTFMON.EXE] C:\WINDOWS\System32\CTFMON.EXE (User 'SYSTEM')
O4 - HKUS\.DEFAULT\..\Run: [CTFMON.EXE] C:\WINDOWS\System32\CTFMON.EXE (User 'Default user')
O4 - Global Startup: HP Digital Imaging Monitor.lnk = C:\Archivos de programa\HP\Digital Imaging\bin\hpqtra08.exe
O4 - Global Startup: TabUserW.exe.lnk = C:\WINDOWS\system32\Wtablet\TabUserW.exe
O8 - Extra context menu item: Add to AMV Convert Tool... - C:\Archivos de programa\MP3 Player Utilities 4.00\AMVConverter\grab.html
O8 - Extra context menu item: MediaManager tool grab multimedia file - C:\Archivos de programa\MP3 Player Utilities 4.00\MediaManager\grab.html
O9 - Extra button: (no name) - {08B0E5C0-4FCB-11CF-AAA5-00401C608501} - C:\Archivos de programa\Java\jre1.6.0_01\bin\ssv.dll
O9 - Extra 'Tools' menuitem: Consola de Sun Java - {08B0E5C0-4FCB-11CF-AAA5-00401C608501} - C:\Archivos de programa\Java\jre1.6.0_01\bin\ssv.dll
O9 - Extra button: AIM - {AC9E2541-2814-11d5-BC6D-00B0D0A1DE45} - C:\Archivos de programa\AIM\aim.exe
O9 - Extra button: (no name) - {DFB852A3-47F8-48C4-A200-58CAB36FD2A2} - C:\ARCHIV~1\SPYBOT~1\SDHelper.dll
O9 - Extra 'Tools' menuitem: Spybot - Search & Destroy Configuration - {DFB852A3-47F8-48C4-A200-58CAB36FD2A2} - C:\ARCHIV~1\SPYBOT~1\SDHelper.dll
O9 - Extra button: Messenger - {FB5F1910-F110-11d2-BB9E-00C04F795683} - C:\Archivos de programa\Messenger\msmsgs.exe
O9 - Extra 'Tools' menuitem: Windows Messenger - {FB5F1910-F110-11d2-BB9E-00C04F795683} - C:\Archivos de programa\Messenger\msmsgs.exe
O16 - DPF: {00B71CFB-6864-4346-A978-C0A14556272C} (Checkers Class) - http://messenger.zone.msn.com/binary/msgrchkr.cab31267.cab
O16 - DPF: {0EB0E74A-2A76-4AB3-A7FB-9BD8C29F7F75} (CKAVWebScan Object) - http://www.kaspersky.com/kos/spanish/kavwebscan_unicode.cab
O16 - DPF: {2917297F-F02B-4B9D-81DF-494B6333150B} (Minesweeper Flags Class) - http://messenger.zone.msn.com/binary/MineSweeper.cab31267.cab
O16 - DPF: {30528230-99f7-4bb4-88d8-fa1d4f56a2ab} (YInstStarter Class) - C:\Archivos de programa\Yahoo!\Common\yinsthelper.dll
O16 - DPF: {4F1E5B1A-2A80-42CA-8532-2D05CB959537} (MSN Photo Upload Tool) - http://gfx2.hotmail.com/mail/w2/resources/MSNPUpld.cab
O16 - DPF: {56762DEC-6B0D-4AB4-A8AD-989993B5D08B} (OnlineScanner Control) - http://www.eset.eu/buxus/docs/OnlineScanner.cab
O16 - DPF: {5D6F45B3-9043-443D-A792-115447494D24} (UnoCtrl Class) - http://messenger.zone.msn.com/ES-ES/a-UNO1/GAME_UNO1.cab
O16 - DPF: {67DABFBF-D0AB-41FA-9C46-CC0F21721616} (DivXBrowserPlugin Object) - http://download.divx.com/webplayer/stage6/windows/AutoDLDivXWebPlayerInstaller.cab
O16 - DPF: {8E0D4DE5-3180-4024-A327-4DFAD1796A8D} (MessengerStatsClient Class) - http://messenger.zone.msn.com/binary/MessengerStatsClient.cab31267.cab
O16 - DPF: {B785FA3C-1DE9-4D20-8396-613C486FE95E} (AeatCtl Class) - https://www5.aeat.es/es13/h/cactivex.cab
O16 - DPF: {C3F79A2B-B9B4-4A66-B012-3EE46475B072} (MessengerStatsClient Class) - http://messenger.zone.msn.com/binary/MessengerStatsPAClient.cab56907.cab
O16 - DPF: {D27CDB6E-AE6D-11CF-96B8-444553540000} (Shockwave Flash Object) - http://fpdownload2.macromedia.com/get/shockwave/cabs/flash/swflash.cab
O16 - DPF: {E87F6C8E-16C0-11D3-BEF7-009027438003} (Persits Software XUpload) - http://upload.mediamax.com/Upload/XUpload.ocx
O16 - DPF: {F5A7706B-B9C0-4C89-A715-7A0C6B05DD48} (Minesweeper Flags Class) - http://messenger.zone.msn.com/binary/MineSweeper.cab56986.cab
O16 - DPF: {F9463571-87CB-4A90-A1AC-2284B7F5AF4E} (Persits Software XEncrypt) - https://www.firmasonline.com/1Firmas/AspEncrypt.ocx
O20 - Winlogon Notify: !SASWinLogon - C:\Archivos de programa\SUPERAntiSpyware\SASWINLO.dll
O23 - Service: Ares Chatroom server (AresChatServer) - Ares Development Group - C:\Archivos de programa\Ares\chatServer.exe
O23 - Service: ASP.NET State Service (aspnet_state) - Unknown owner - C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\aspn et_state.exe (file missing)
O23 - Service: ##Id_String1.6844F930_1628_4223_B5CC_5BB94B879762# # (Bonjour Service) - Apple Computer, Inc. - C:\Archivos de programa\Bonjour\mDNSResponder.exe
O23 - Service: FLEXnet Licensing Service - Macrovision Europe Ltd. - C:\Archivos de programa\Archivos comunes\Macrovision Shared\FLEXnet Publisher\FNPLicensingService.exe
O23 - Service: InstallDriver Table Manager (IDriverT) - Macrovision Corporation - C:\Archivos de programa\Archivos comunes\InstallShield\Driver\11\Intel 32\IDriverT.exe
O23 - Service: Kodak Camera Connection Software (KodakCCS) - Eastman Kodak Company - C:\WINDOWS\system32\drivers\KodakCCS.exe
O23 - Service: Macromedia Licensing Service - Unknown owner - C:\Archivos de programa\Archivos comunes\Macromedia Shared\Service\Macromedia Licensing.exe
O23 - Service: Panda Software Controller - Panda Software International - C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\PsCtrls.exe
O23 - Service: Panda Function Service (PAVFNSVR) - Panda Software International - C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\PavFnSvr.exe
O23 - Service: Panda Process Protection Service (PavPrSrv) - Panda Software - C:\Archivos de programa\Archivos comunes\Panda Software\PavShld\pavprsrv.exe
O23 - Service: Panda anti-virus service (PAVSRV) - Panda Software International - C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\pavsrv51.exe
O23 - Service: Pinnacle Systems Media Service (PinnacleSys.MediaServer) - Unknown owner - c:\archivos de programa\pinnacle\shared files\programs\mediaserver\pmshost.exe (file missing)
O23 - Service: Pml Driver HPZ12 - HP - C:\WINDOWS\system32\HPZipm12.exe
O23 - Service: Panda Antispam Engine (pmshellsrv) - Panda Software International - C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\AntiSpam\pskmssvc.exe
O23 - Service: ProtexisLicensing - Unknown owner - C:\WINDOWS\system32\PSIService.exe
O23 - Service: Panda Host Service (PSHost) - Panda Software International - c:\archivos de programa\panda software\panda internet security 2007\firewall\PSHOST.EXE
O23 - Service: Panda IManager Service (PSIMSVC) - Panda Software International - C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\PsImSvc.exe
O23 - Service: ScsiAccess - Unknown owner - C:\WINDOWS\System32\ScsiAccess.EXE
O23 - Service: SmartLinkService (SLService) - - C:\WINDOWS\SYSTEM32\slserv.exe
O23 - Service: TabletService - Wacom Technology, Corp. - C:\WINDOWS\system32\Tablet.exe
O23 - Service: Panda TPSrv (TPSrv) - Panda Software International - C:\Archivos de programa\Panda Software\Panda Internet Security 2007\TPSrv.exe
O23 - Service: TuneUp WinStyler Theme Service (TUWinStylerThemeSvc) - TuneUp Software GmbH - C:\Archivos de programa\TuneUp Utilities 2006\WinStylerThemeSvc.exe
O23 - Service: US30Service - Unknown owner - C:\Documents and Settings\Juan Perez\Datos de programa\DATA BECKER\Maximum Protection Blindata\US30Service.exe

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End of file - 11100 bytes


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¿Es necesario que realice la limpieza con ComboFix?

Muchas gracias por vuestra ayuda y por mantener abierto un foro tan fantástico y útil como este.