Bueno después de haber leído en la Web una sarta de cosas buenas y porque no decir también de tonterías y haber navegado un poco pude solucionar mi problema y espero le sea de ayuda a ivanike y otras personas que tienen el mismo problema.
El problema éste de las carpetas ocultas y al parecer no poder modificar el atributo de “oculto” se me presento en mi USB, pues ya casi estaba consintiendo la opción de formatear mi usb (ojo cuando formatees tu usb hazlo desde tu usb, no desde la computadora, lee el manual de tu usb), pero como soy persistente encontré una solución:
1- Pásale un buen antivirus (actualizado), muchos recomiendan el karspesky, el avg, el nod32. ya tú ve cual quieres aplicarle, personalmente te digo que le aplique el panda y pues me elimino el causante de este mal y a lo mejor otro bicho que por ahí recogí.
2- Luego te vas a ejecutar y escribes: cmd (empezaremos a modificar sus atributos mediante DOS ya que por windows no podemos hacerlo!)
3- Te diriges a la unidad de tu dispositivo, por ejemplo ‘ F: ‘
4- Escribes a continuación attrib –s –h <nombre de la carpeta que aparece oculta> ‘enter’
5- Te vas al explorador y te fijas si tu carpeta que estaba oculta y con el atributo oculto modificado se ha restaurado, si es así continua haciéndolo con las demás carpetas.
6- Para las personas que no recuerdan los nombres de sus carpetas, abran el explorador  herramientas  opciones de carpeta  ver  ocultar archivos protegidos del sistema operativo (recomendado), este ultimo estará activado y lo tendrán que desactivar.
7- Si el problema persiste puede ser que el antivirus no haya eliminado al virus. Y éste aun este provocando la modificación del atributo de las carpetas.
Espero haber ayudado, lo de tonterías que mencione líneas arriba lo dije porque en otros foros la persona con este problema exponía detalladamente lo que ya había intentado, como: explorador  herramientas  opciones de carpeta  ver mostrar todos los archivos y carpetas ocultos. Y el muy inteligente que supuestamente quería ayudar proponía como solución lo que la persona ya había intentado! Y otros decían: Formatéalo! Vamos muchachos solo hay que navegar un poquito y cuando el problema ya parece no tener solución (o parece que no lo has encontrado y estas cansado de buscarle una solución) pero solo cuando ya lo has intentado todo! Recién puedes aceptar aquella solución de formatearlo. Es una recomendación :D
Hay otras soluciones que involucran al regedit seria bueno que las veas si es que aun no lo has hecho
Saludos cordiales