Si has borrado algo que no debias en el registro con el ccleaner y le sacaste copia de seguridad (backup) úsala para restaurar tu sistema regedit, sólo tienes que correr los archivos .reg guardados. Sino le sacaste backup... prueba quitando los programas que últimamente has instalado, verifica que se quiten completamente con el CCleanner, es probable que una de las aplicaciones este consumiendote recursos al iniciar windows.