En el disco nuevo instala windows y todos los programas que quieras tener, despues conectas el otro disco duro pero como esclavo para que hagas el traspaso de informacion y asi despues puedas formatear el disco antiguo. Si el disco es IDE solo hay que acomodar el jumper de tal manera que quede uno como esclavo y uno como maestro (Si esque los conectas con un mismo cable) si son separados o son SATA solo configura tu bios para que bootee con el disco duro nuevo.
Saludos.