El audio está siempre desincronizado igual, por ejemplo 3 segundos antes, o después, pero fijo en todo el video.? En ese caso puedes extraer el audio con virtualdubmod. y luego con besweet puedes añadirle unos segundos al principio o quitárselos de modo que te quede bien. Luego le vuelves a añadir el audio bueno con virtualdubmod. Esto funciona con videos pelis formato .avi y quizás con otros formatos también.

Saludos.