lo mas probable es que los problemas se deben a los cambios que los malwares realizaron en tu equipo..

si deseas estar seguro de que la infeccion se haya eliminado por completo realiza lo siguiente:
descargate el ccleaner (este es el manual) y lo usas en las opciones limpiador y luego en registro haciendo una copia del registro..

ahora has un analisis en kaspersky online scanner y me pegas el reporte que te genere..