Mira, la comunicación por red, se hace por medio de un protocolo de comunicación en común, en tu caso, es TCP/IP. Al ser una red casera, NO IMPORTA que el sistema de archivos sea FAT, NTFS o lo que sea. Solo se necesita un protocolo y listo.

Tu problema se debe a la seguridad implantada que lleva XP y Vista. En ese caso, una solución funcional, es crear en el windows Vista, el usuario CON clave que usas en el Win98 y listo. Para el caso de XP, es lo mismo.

Te lo pongo así:
PC1 = Win98, PC2 = WinXP, PC3= WinVista.

Usuario = General
Clave = 123456

Ese usuario CON su clave, debe estar creado en todos los equipos. Al existir en todos y compartir recursos (Directorios, CD-ROM, impresoras, etc), no va a tener problemas, ya que el XP y Vista lo que revisan, es que el usuario exista para usar dichos recursos.

Win98, no tiene esa seguridad y es por lo mismo que el Vista lo ve sin problemas.