si los problemas comenzaron por infecciones, aunque ya estes limpio es posible que tu sistema haya quedado dañado y debas o repararlo o reinstalarlo de forma limpia que es lo más aconsejable

Intentar adivinar qué program o software te dispara el rendimiento de la cpu solo lo puedes hacer tu entrando en el administrador de tareas y viendo qué programa o ejecutable está paralizando tu pc, lo mas seguro es que sea algun antivirus o programa de este tipo

Yo ante lo que comentas formatearía y volvería a instalar el SO de nuevo, antes de eso asegurate de tener los drivers de tus dispositivos en un cd y hacer copia de los documentos y archivos a un cd o dvd