Creo que ésta es la solución que buscabas, parece que alguien se sintió molesto antes que vos!!

STOP YouTube. Como parar la reproducción de un vídeo en YouTube

Pero parece que el script está hecho para detectar una etiqueta en especial, no para detener automáticamente todo el uso de flash, por lo que cosas como los malditos slides de slide.com te seguirán fastidiando. Podrías ponerte a mejorar el programita, no creo que sea difícil, solamente añadir más cosas a la búsqueda y eso...Una interfáz en AutoIT para Windows o en PyGTK para Linux...bien gasolero

Nos vemos!!