Hola

No creo que puedas hacer un formateo a bajo nivel, este es un formateo que reestructura fisicamente el disco duro, es decir, consiste en colocar marcas en la superficie magnética del disco para dividirlo en pistas y sectores físicos, este formateo se hace en fábrica y muy pocos fabricantes ofrecen un programa para que esto se pueda hacer ya que es un proceso arriesgado que puede dejar inútil un disco duro.
Algunas bios de placas antiguas permitian este formateo...

Yo en tu lugar volvería a formatear el disco duro por si hubiera habido algun fallo en el anterior formateo, primero creas la partición o particiones y despues les das formato, pero si tu disco esta muy dañado quizas lo que haga sea reducir el tamaño útil ya que se verifica si hay sectores defectuosos y los marca para no ser utilizados

Saludos