Hola si el kaspersky era el antivirus que te detectaba las infecciones lo mas coherente es seguir escaneando con el hasta que su reporte salga limpio, si una vez que el reporte sale limpio los problemas continuan ya se utiliza otra herramienta de detección para no caer en imprecisiones a la hora de diagnosticar el estado del pc.

Te recomiendo que realices un escaneo completo dedl PC con el Kaspersky Online Scaner y pegues su reporte para revisarlo, tambien describe detalladamente los sintomas que tiene tu pc para darte el procedimiento adecuado a seguir.