Hola, me das a entender que tienes el sistema en D o en otra partición que no es C, el único inconveniente es que algunos programas se lanza a instalarse en C, por lo demás no hay ningún problema, pues en definitiva el sector de arranque de un sistema, es este el que determina en que parte del disco se instala, por lo general debe de instalarse en las parte primarias de este, pues con un formateo y un scandisk se debe de reparar o aislar dicho sector, por su puesto casi siempre se hace mejor el ms-do con el comando chkdsk /r.
Por lo tanto si tienes el sistema operativo funcionando, puedes hacer el scandisk completo dando por supuesto la opción de reparar y corregir dichos defectos, pues si no los corriges en principio él debe de aislarlo.
Pero todo lo anterior es teoría, pues en informática lo de dos y dos, pues va hacer que no son cuatro.
Saludos