Hola, se busca en San Google seguro que encuentras muchas más explicaciones al respecto, pues una cosa es el disco y otra el sistema, pero el sistema necesita una unidad de almacenamiento, ya sea disco o disquete, cdrom, o pendrive.
Por lo tanto el sistema lo que hace es poner su sector de arranque en los elementos antes comentado, para cuando arranca el pc busque en dichos sitios, si estos están regulado correctamente con la orden primaria del sector de arranque, es decir, A, C, Cdrom, o cualquier forma de combinación de ellas.
También es verdad que dicho sector se almacena en los primeros sectores de dichos elementos, también llamado sectores de arranque de discos, pero en realidad los dos sectores aunque son uno solo se necesitan uno de ellos, aunque cuando dicho sector primario de u n disco está defectuoso, este se puede suprimir y pasar al segundo sector, y con todo ello allí se almacena el sector del sistema que es el arranque verdadero.
Bueno te voy a dar unas direcciones haber si te aclararán en algo, aunque creo que ya has mirado en estos sitios.

Está sacado de esta dirección: Discos duros y particiones

Secuencia de arranque de un ordenador

Todos los ordenadores disponen de un pequeño programa almacenado en memoria ROM (Read Only Memory, memoria de sólo lectura), encargado de tomar el control del ordenador en el momento de encenderlo. Lo primero que hace el programa de arranque es un breve chequeo de los componentes hardware. Si todo está en orden, intenta el arranque desde la primera unidad física indicada en la secuencia de arranque. Si el intento es fallido, repite la operación con la segunda unidad de la lista y así hasta que encuentre una unidad arrancable. Si no existiese ninguna, el programa de arranque mostraría una advertencia. Esta secuencia de arranque se define en el programa de configuración del ordenador (también llamado Setup, CMOS o BIOS). Lo usual es acceder a este programa pulsando la tecla Suprimir mientras se chequea la memoria RAM, sin embargo su forma de empleo depende del modelo del ordenador. Por ejemplo, la secuencia A:, C: indica que primero se intentará arrancar desde la disquetera y si no fuera posible, desde el primer disco duro.

Nota: Normalmente los programas de configuración utilizan la siguiente nomenclatura: la unidad A: es la primera unidad de disquete; B:, la segunda; C:, el primer disco duro; y D:, el segundo.

Suponiendo que arrancamos desde el disco duro, el programa de arranque de la ROM cederá el control a su programa de inicialización (Master Boot). Este programa buscará en la tabla de particiones la partición activa y le cederá el control a su sector de arranque.

El programa contenido en el sector de arranque de la partición activa procederá al arranque del sistema operativo.

Algunas aclaraciones: Cuando compramos un disco duro nuevo, éste viene sin particionar. Esto significa que el disco duro no es arrancable y hay que configurarlo desde un disquete (o un CD-ROM). Para ello es necesario establecer la secuencia de arranque de manera que esté la disquetera antes que el disco duro (de lo contrario puede no lograrse el arranque). Por el contrario, si la secuencia de arranque es C:, A: y el disco duro es ya arrancable, no será posible arrancar desde un disquete, ya que ni siquiera lo leerá.

En el xp este sistema se llama MBR, y puedes mirar aquí: en MBR y arranque del sistema, está a la mitad de la explicación de esta página.
Master Boot Record - Wikipedia, la enciclopedia libre.

También: Sector de arranque

Saludos