Efectivamente por eso siempre que vemos que se esta corriendo el programa desde los temporales o desde dentro del .Zip, recomendamos crearle su propia carpeta http://www.forospyware.com/showthread.php?t=42

De esta manera al ejecutarse el programa y aplicarle FIX a alguna de las entradas para reparar este nos pregunta si queremos crear un Backups automático el cual es muy fácil restaurar cualquier línea borrada por error.

Para entrar al Backup vas a Open the Misc Tools section > Backups y ahi si hay entradas que fueron eliminadas se pueden seleccionar y aplicarles Restore

Salu2