ola.
no el disco duro sigue igual lo que hace es solo reparar los fallos de windows los programas y los archivos siguen igual que como estaban todo sigue igual pero si el ordenador no te deja analizar por un virus la reparacion durara poco ya que el virus seguira alli y volvera a atacar lo cual quiere decir que tienes que analizar rapido tambien cabe la posiblidad de que la reparacion borre parte del virus asi que date prisa si no funciona me avisas que te ayudare buscando otra solucion.
dew