Siempre que utilices programas que manejen el registro usalos con mucha precaucion porque pueden surgir problemas que llevan ocasionalmente a la reinstalacion de windows, siempre que realices una limpieza crea puntos de restauracion por si las dudas yo he usado el ccleaner hace ya un año mas o menos y no me a traido problemas y ahora estoy probando el regseeker que parece muy bueno, a este solo utiliso la funcion de limpiesa del registro.
Saludos