Antes que nada quiero agradecer por toda su colaboración, te cuento que este fin de semana he solucionado el problema que tenía en el servidor , de todas formas seguí los pasos que me sugeriste, los intenté hacer a modo de prueba de fallos con conexion a red pero no hubo caso, el virus me cerraba la conexion a internet y no podía realizar las actualizaciones. Por otro lado el SuperAntiSpyware no trabaja para Windows 2000 Server, no me lo dejó instalar.
Te cuento que hice, saqué el disco del servidor y lo conecté a una terminal de trabajo como disco secundario, lo escanié con el AVG que estaba instalado en la terminal y me encontro el siguiente virus
Trojan Horse BackDoor.Generic6.RAA, este virus se encontraba en los siguientes archivos 84785_mssql[1].exe en el 84785_mssql[2].exe y en el archivo mm50krnl.exe que los eliminó.
Coloqué el disco en el servidor y le instalé el Nod32, lo actualicé y por ahora no tuve mas problema con este virus, este me tenia a mal traer, me tiraba toda la red abajo y no podian trabajar.
Desde que puse el Nod32 me quiere entrar un virus win32/ircbot.UE pero me lo detiene el Nod.
Dejé instalado también el Symantec por las dudas y me encuentra y me borra un virus que está en la cartpeta de symantec de all user que es el W32.Sbybot.Worm

Si tienen alguna sugerencia soy todo oidos, pero yo diría que den por cerrado el caso. Nuevamente Gracias por su colaboracion