Hola, Jean-Crétien.
Antes se me olvidó decirte que con los cambios que me hice según tu primera respuesta, el rendimiento del pc ha mejorado mucho y ya no salían las ventanas intrusas con publicidad.
Hice también una limpieza del registro.
Ahora te envío el resultado del análisis de Virus Total, de los tres archivos de system32:

ESTADO: FINALIZADOEste es el resultado completo de analizar el archivo "wnstsisv32.exe" que VirusTotal ha recibido el día 21.05.2007 a las 14:39:31 (CET).

Antivirus Version Actualización Resultado
AhnLab-V3 2007.5.21.1 21.05.2007 no ha encontrado virus
AntiVir 7.4.0.23 21.05.2007 no ha encontrado virus
Authentium 4.93.8 18.05.2007 no ha encontrado virus
Avast 4.7.997.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
AVG 7.5.0.467 20.05.2007 no ha encontrado virus
BitDefender 7.2 21.05.2007 no ha encontrado virus
CAT-QuickHeal 9.00 18.05.2007 no ha encontrado virus
ClamAV devel-20070416 21.05.2007 no ha encontrado virus
DrWeb 4.33 21.05.2007 no ha encontrado virus
eSafe 7.0.15.0 20.05.2007 Win32.Xorpix.al
eTrust-Vet 30.7.3649 21.05.2007 no ha encontrado virus
Ewido 4.0 21.05.2007 Trojan.Small
FileAdvisor 1 21.05.2007 No threat detected
Fortinet 2.85.0.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
F-Prot 4.3.2.48 18.05.2007 no ha encontrado virus
F-Secure 6.70.13030.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
Ikarus T3.1.1.7 21.05.2007 no ha encontrado virus
Kaspersky 4.0.2.24 21.05.2007 no ha encontrado virus
McAfee 5034 18.05.2007 no ha encontrado virus
Microsoft 1.2503 21.05.2007 no ha encontrado virus
NOD32v2 2281 21.05.2007 no ha encontrado virus
Norman 5.80.02 18.05.2007 no ha encontrado virus
Panda 9.0.0.4 20.05.2007 no ha encontrado virus
Prevx1 V2 21.05.2007 Polymorphic Trojans
Sophos 4.17.0 20.05.2007 no ha encontrado virus
Sunbelt 2.2.907.0 17.05.2007 no ha encontrado virus
Symantec 10 21.05.2007 no ha encontrado virus
TheHacker 6.1.6.119 21.05.2007 no ha encontrado virus
VBA32 3.12.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
VirusBuster 4.3.7:9 20.05.2007 no ha encontrado virus
Webwasher-Gateway 6.0.1 21.05.2007 no ha encontrado virus


Información adicional
Tamaño archivo: 2 bytes
MD5: 4f3dd0ffb3e41c5f74b5b0d8c1f10bb5
SHA1: e688cf7414fb701c4495010d43a4eaaaeac71768
Bit9 info: http://fileadvisor.bit9.com/services/extinfo.aspx?md5=4f3dd0ffb3e41c5f74b5b0d8c1f10bb5
Prevx info: http://fileinfo.prevx.com/fileinfo.asp?PXC=4f3d691635

ESTADO: FINALIZADOEste es el resultado completo de analizar el archivo "perfc00A.dat" que VirusTotal ha recibido el día 21.05.2007 a las 14:49:09 (CET).

Antivirus Version Actualización Resultado
AhnLab-V3 2007.5.21.1 21.05.2007 no ha encontrado virus
AntiVir 7.4.0.23 21.05.2007 no ha encontrado virus
Authentium 4.93.8 18.05.2007 no ha encontrado virus
Avast 4.7.997.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
AVG 7.5.0.467 20.05.2007 no ha encontrado virus
BitDefender 7.2 21.05.2007 no ha encontrado virus
CAT-QuickHeal 9.00 18.05.2007 no ha encontrado virus
ClamAV devel-20070416 21.05.2007 no ha encontrado virus
DrWeb 4.33 21.05.2007 no ha encontrado virus
eSafe 7.0.15.0 20.05.2007 no ha encontrado virus
eTrust-Vet 30.7.3649 21.05.2007 no ha encontrado virus
Ewido 4.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
FileAdvisor 1 21.05.2007 no ha encontrado virus
Fortinet 2.85.0.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
F-Prot 4.3.2.48 18.05.2007 no ha encontrado virus
F-Secure 6.70.13030.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
Ikarus T3.1.1.7 21.05.2007 no ha encontrado virus
Kaspersky 4.0.2.24 21.05.2007 no ha encontrado virus
McAfee 5034 18.05.2007 no ha encontrado virus
Microsoft 1.2503 21.05.2007 no ha encontrado virus
NOD32v2 2281 21.05.2007 no ha encontrado virus
Norman 5.80.02 18.05.2007 no ha encontrado virus
Panda 9.0.0.4 20.05.2007 no ha encontrado virus
Prevx1 V2 21.05.2007 no ha encontrado virus
Sophos 4.17.0 20.05.2007 no ha encontrado virus
Sunbelt 2.2.907.0 17.05.2007 no ha encontrado virus
Symantec 10 21.05.2007 no ha encontrado virus
TheHacker 6.1.6.119 21.05.2007 no ha encontrado virus
VBA32 3.12.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
VirusBuster 4.3.7:9 20.05.2007 no ha encontrado virus
Webwasher-Gateway 6.0.1 21.05.2007 no ha encontrado virus


Información adicional
Tamaño archivo: 68696 bytes
MD5: a2a3b82dda2c7bda1c9c6ae5adb3b2a5
SHA1: 35a304fa61fdf11dedc08d714f3e0bf4a4cfa30b


ESTADO: FINALIZADOEste es el resultado completo de analizar el archivo "perfh00A.dat" que VirusTotal ha recibido el día 21.05.2007 a las 15:05:02 (CET).

Antivirus Version Actualización Resultado
AhnLab-V3 2007.5.21.1 21.05.2007 no ha encontrado virus
AntiVir 7.4.0.23 21.05.2007 no ha encontrado virus
Authentium 4.93.8 18.05.2007 no ha encontrado virus
Avast 4.7.997.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
AVG 7.5.0.467 20.05.2007 no ha encontrado virus
BitDefender 7.2 21.05.2007 no ha encontrado virus
CAT-QuickHeal 9.00 18.05.2007 no ha encontrado virus
ClamAV devel-20070416 21.05.2007 no ha encontrado virus
DrWeb 4.33 21.05.2007 no ha encontrado virus
eSafe 7.0.15.0 20.05.2007 no ha encontrado virus
eTrust-Vet 30.7.3649 21.05.2007 no ha encontrado virus
Ewido 4.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
FileAdvisor 1 21.05.2007 no ha encontrado virus
Fortinet 2.85.0.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
F-Prot 4.3.2.48 18.05.2007 no ha encontrado virus
F-Secure 6.70.13030.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
Ikarus T3.1.1.7 21.05.2007 no ha encontrado virus
Kaspersky 4.0.2.24 21.05.2007 no ha encontrado virus
McAfee 5034 18.05.2007 no ha encontrado virus
Microsoft 1.2503 21.05.2007 no ha encontrado virus
NOD32v2 2281 21.05.2007 no ha encontrado virus
Norman 5.80.02 18.05.2007 no ha encontrado virus
Panda 9.0.0.4 20.05.2007 no ha encontrado virus
Prevx1 V2 21.05.2007 no ha encontrado virus
Sophos 4.17.0 20.05.2007 no ha encontrado virus
Sunbelt 2.2.907.0 17.05.2007 no ha encontrado virus
Symantec 10 21.05.2007 no ha encontrado virus
TheHacker 6.1.6.119 21.05.2007 no ha encontrado virus
VBA32 3.12.0 21.05.2007 no ha encontrado virus
VirusBuster 4.3.7:9 20.05.2007 no ha encontrado virus
Webwasher-Gateway 6.0.1 21.05.2007 no ha encontrado virus

Información adicional
Tamaño archivo: 439680 bytes
MD5: f58791d8fc7101c123cfcf24c6303981
SHA1: 48ea2d96f79686ce07216fd2c2392807beb2869d

En cuanto a los archivos C:\WINDOWS\system32\3655.bat y C:\WINDOWS\system32\n.bat, cuando los he intentado abrir, parece que me han desparecido, ¿dónde han ido a parar?
Menos mal que hay gente como vosotros, dispuestos a ayudar, ¡eres un hacha!
Bueno, de momento, ya te digo que va todo bien.

Muchas gracias,
misbel