No sé cuantas veces he explicado esto xD... ahí va de nuevo.

Firefox se instala en dos sitios diferentes, una es el clásico Archivos de programa como cualquier aplicación, pero otra parte se instala en
C:\\Documents and Settings\\[El nombre de tu sesion]\\Datos de programa\\Mozilla\\Firefox\\Profiles

Por esta razón cuando desinstalas Firefox no se borran todos los archivos entre ellos los marcadores, temas, extensiones y plugins, porque estos se encuentran en la carpeta Profiles. Eso viene de la época cuando Firefox no tenía actualizaciones automáticas y la única manera de actualizarlo era desinstalarlo y luego instalar la nueva versión.

El problema de este sistema de instalación es que cuando se corrompe algún contenio del Profile no se puede solucionar simplemente reinstalando el programa como ocurre con casi todas las aplicaciones para Windows.

Ve a la carpeta Profile (es una carpeta oculta así que primero deberás habilitar ver archivos ocultos) y dentro encontrarás el profile por defecto (carpeta default) y busca el archivo bookmarks.html, con suerte todavía contiene tu información (debe tener una fecha reciente). El archivo bookmarks.html puede abrirse con el navegador para ver su contenido. Si esta vacío todavía tienes el bookmarks.bak que es el respaldo del propio Firefox... le cambias la extensión a html y debía darte otra alternativa. Si ambos estan mal todavía tienes otra sub-carpeta llamada bookmarkbackups, si estos tampoco funcionan ya no hay nada que hacer.

1. Lo primero que debes intentar es reemplazar el bookmarks.html con el bookmarks.bak o alguno de la sub-carpeta que te indiqué.

2. Si esto no funciona todavía te queda Crear un Nuevo Perfil. Esto seguro porque tu profile actual se ha corrompido y es mejor crear otro. Luego copias el archivo bookmarks.html que guardamos del profile anterior y listo, eso debería devolverte tus marcadores. La mala noticia es que probablemente con este camino tendrás te reinstalar extensiones y temas, pero eso es más fácil que perder los marcadores.

Saludos.