Un saludo, antes de nada, agradecer tan rapida respuesta. Lastima que no ha tenido el resultado esperado, o bien yo no he sabido dar con ello.
He desinstalado el Spybot que tenia y he instalado el que teneis en vuestra pag. Spybot 1.4. Lo he pasado sin tocar el regedit y tambien me encuentra las dos entradas de Windows Security Center, las reparo.
He entrado en el Regedit y en la carpeta de Security Center me aparecen estos valores:
(predeterminadr) REG_SZ (valor no establecido)
AntivirusDisableN... REG_DWORD 0x0000000 (0)
AntiviursOverride REG_DWORD 0x0000000 (0)
FirewallDisableN... REG_DWORD 0x0000000 (0)
FirewallOverride REG_DWORD 0x0000000 (0)
FirstRunDisabled REG_DWORD 0x0000001 (1)
UpdatesDisableN... REG_DWORD 0x0000000 (0)

Le doy a boton derecho - modificar y en Antivirus Disable Notify y en Firewall Disable Notify le cambio el valor 0 por 1.
Salgo del Regedit, abro el Spybot y lo paso, me sigue dando las dos entradas de Windows Security Center, igual que en el primer post que os puse. ¿?
Si cierro el Spybot sin reparar y voy al Regedit, siguen estando los valores en 1, pero si le abro el Spybot, lo paso y le digo que repare los problemas, una vez los repara voy al Regedit y me los a vuelto a poner todos a 0 a excepcion del First Run Disabled que sigue en valor 1.

He reiniciado el pc, nada mas abrirse, me voy al Regedit-Security Center y me encuentro que los valores del antivirus y del firewall estan en 1 en lugar de en 0. Creo que esta ya solucionado pero al pasar el Spybot, me detecta las dos entradas de Windows Security Center de nuevo, las reparo y al entrar en el Regedit me encuentro que las a vuelto a poner en 0.

No se si me he explicado bien, espero no ser muy liante. No consigo sacarlo de mi pc, no se si abre dado bien los pasos, pero no consigo sacarmelo de encima. Gracias por todo.