Hola! Muchísimas gracias por vuestra rápida y precisa respuesta!
He seguido todos los pasos que me habeis indicado, y parece que ahora el sistema está limpio. He ejecutado el Ad-Aware y me dice que está totalmente limpio.

El resultado de ejecutar Vx2Finder es el que pego a continuación:

Files Found---

Additional Files---

Keys Under Notify---
crypt32chain
cryptnet
cscdll
ScCertProp
Schedule
sclgntfy
SensLogn
termsrv
wlballoon


La única pregunta que me queda es: estas "Keys Under Notify" que aparecen, debo borrarlas también del registro?

Gracias de nuevo!