Hola

No te procupes po que el disk cleaner no es para nada nocivo y el daño mas grande que pueda causarte es que hayas borrado el historial del ie por erro, a modo de ejmplo.

Si tu no quieres borrar la cookies, lo temporales y/o historiales lo unico que tienes que hacer es destildar las casillitas relacionadas a estas.

Saludos