Hola. Una opcion sería formatear el disco duro e instalar todo desde el principio Si tienes el disco de restauracion puedes hacerlo sin problemas pues te volverá a instalar todos los drivers originales así como dejar un nuevo sistema operativo como si fuera nuevo, tan solo tienes que introducir en la bandeja de CD/DVD el disco de Windows y seguir los pasos diciendole que quieres hacer todo desde el principio, es decir formatear (yo te recomendaría hacer una particion NTFS). Normalmente ese otro disco duro que tienes (D:) es utilizado por el sistema para hacer recuperaciones del sistema por eso no te deja hacer casi nada me imagino, aunque si explicas qué es lo que no te deja hacer se puede ver qué pasa. A lo mejor deberías de probar a hacer una desfragmentación del disco duro para que vaya más rápido el ordenador, te recomiendo el programa Perfect Disk 8.0 [en inglés]
saludos