Hola ElRengo, seguí los pasos que me sugirió y al revisar en Favoritos, me encontré con que esas carpetas ya no estaban más. Gracias por las indicaciones :D

Acá posteo el log después de seguir las indicaciones.

Logfile of HijackThis v1.99.1
Scan saved at 03:40:16 a.m., on 16/01/2007
Platform: Windows XP SP2 (WinNT 5.01.2600)
MSIE: Internet Explorer v7.00 (7.00.5730.0011)

Running processes:
C:\WINDOWS\System32\smss.exe
C:\WINDOWS\system32\winlogon.exe
C:\WINDOWS\system32\services.exe
C:\WINDOWS\system32\lsass.exe
C:\WINDOWS\system32\svchost.exe
C:\Archivos de programa\Windows Defender\MsMpEng.exe
C:\WINDOWS\System32\svchost.exe
C:\WINDOWS\system32\spoolsv.exe
C:\WINDOWS\Explorer.EXE
C:\Archivos de programa\Alwil Software\Avast4\aswUpdSv.exe
C:\Archivos de programa\Alwil Software\Avast4\ashServ.exe
C:\WINDOWS\system32\VTTimer.exe
C:\WINDOWS\system32\VTtrayp.exe
C:\WINDOWS\sm56hlpr.exe
C:\Archivos de programa\Thomson\SpeedTouch USB\Dragdiag.exe
C:\ARCHIV~1\ALWILS~1\Avast4\ashDisp.exe
C:\Archivos de programa\Windows Defender\MSASCui.exe
C:\Archivos de programa\Elaborate Bytes\VirtualCloneDrive\VCDDaemon.exe
C:\Archivos de programa\Archivos comunes\Microsoft Shared\VS7DEBUG\MDM.EXE
C:\Archivos de programa\Java\jre1.6.0\bin\jusched.exe
C:\Archivos de programa\Archivos comunes\Ahead\lib\NMBgMonitor.exe
C:\Archivos de programa\Messenger\msmsgs.exe
C:\Archivos de programa\MSN Messenger\msnmsgr.exe
C:\WINDOWS\system32\ctfmon.exe
C:\Archivos de programa\Alwil Software\Avast4\ashMaiSv.exe
C:\Archivos de programa\Alwil Software\Avast4\ashWebSv.exe
C:\Archivos de programa\Microsoft Office\OFFICE11\WINWORD.EXE
C:\Archivos de programa\Mozilla Firefox\firefox.exe
C:\WINDOWS\system32\svchost.exe
C:\Archivos de programa\Internet Explorer\IEXPLORE.EXE
C:\Archivos de programa\HJT\HijackThis.exe

R1 - HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main,Default_Page_URL = http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=69157
R1 - HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main,Default_Search_URL = http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=54896
R1 - HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main,Search Page = http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=54896
R0 - HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main,Start Page = http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=69157
R0 - HKCU\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main,Local Page =
R0 - HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main,Local Page =
R0 - HKCU\Software\Microsoft\Internet Explorer\Toolbar,LinksFolderName = Vínculos
O2 - BHO: Adobe PDF Reader Link Helper - {06849E9F-C8D7-4D59-B87D-784B7D6BE0B3} - C:\Archivos de programa\Adobe\Acrobat 7.0\ActiveX\AcroIEHelper.dll
O2 - BHO: flashget urlcatch - {2F364306-AA45-47B5-9F9D-39A8B94E7EF7} - C:\ARCHIV~1\FlashGet\jccatch.dll
O2 - BHO: (no name) - {53707962-6F74-2D53-2644-206D7942484F} - C:\ARCHIV~1\SPYBOT~1\SDHelper.dll
O2 - BHO: SSVHelper Class - {761497BB-D6F0-462C-B6EB-D4DAF1D92D43} - C:\Archivos de programa\Java\jre1.6.0\bin\ssv.dll
O2 - BHO: FlashGet GetFlash Class - {F156768E-81EF-470C-9057-481BA8380DBA} - C:\Archivos de programa\FlashGet\getflash.dll
O3 - Toolbar: FlashGet - {E0E899AB-F487-11D5-8D29-0050BA6940E3} - C:\Archivos de programa\FlashGet\fgiebar.dll
O4 - HKLM\..\Run: [VTTimer] VTTimer.exe
O4 - HKLM\..\Run: [VTTrayp] VTtrayp.exe
O4 - HKLM\..\Run: [Cmaudio] RunDll32 cmicnfg.cpl,CMICtrlWnd
O4 - HKLM\..\Run: [SMSERIAL] sm56hlpr.exe
O4 - HKLM\..\Run: [SpeedTouch USB Diagnostics] "C:\Archivos de programa\Thomson\SpeedTouch USB\Dragdiag.exe" /icon
O4 - HKLM\..\Run: [avast!] C:\ARCHIV~1\ALWILS~1\Avast4\ashDisp.exe
O4 - HKLM\..\Run: [Windows Defender] "C:\Archivos de programa\Windows Defender\MSASCui.exe" -hide
O4 - HKLM\..\Run: [CloneCDTray] "C:\Archivos de programa\SlySoft\CloneCD\CloneCDTray.exe" /s
O4 - HKLM\..\Run: [VirtualCloneDrive] "C:\Archivos de programa\Elaborate Bytes\VirtualCloneDrive\VCDDaemon.exe" /s
O4 - HKLM\..\Run: [SunJavaUpdateSched] C:\Archivos de programa\Java\jre1.6.0\bin\jusched.exe
O4 - HKCU\..\Run: [BgMonitor_{79662E04-7C6C-4d9f-84C7-88D8A56B10AA}] "C:\Archivos de programa\Archivos comunes\Ahead\lib\NMBgMonitor.exe"
O4 - HKCU\..\Run: [MSMSGS] "C:\Archivos de programa\Messenger\msmsgs.exe" /background
O4 - HKCU\..\Run: [msnmsgr] "C:\Archivos de programa\MSN Messenger\msnmsgr.exe" /background
O4 - HKCU\..\Run: [ctfmon.exe] C:\WINDOWS\system32\ctfmon.exe
O4 - Global Startup: Inicio rápido de Adobe Reader.lnk = C:\Archivos de programa\Adobe\Acrobat 7.0\Reader\reader_sl.exe
O8 - Extra context menu item: &Download All with FlashGet - C:\ARCHIV~1\FlashGet\jc_all.htm
O8 - Extra context menu item: &Download with FlashGet - C:\ARCHIV~1\FlashGet\jc_link.htm
O8 - Extra context menu item: E&xportar a Microsoft Excel - res://C:\ARCHIV~1\MICROS~2\OFFICE11\EXCEL.EXE/3000
O9 - Extra button: (no name) - {08B0E5C0-4FCB-11CF-AAA5-00401C608501} - C:\Archivos de programa\Java\jre1.6.0\bin\ssv.dll
O9 - Extra 'Tools' menuitem: Consola de Sun Java - {08B0E5C0-4FCB-11CF-AAA5-00401C608501} - C:\Archivos de programa\Java\jre1.6.0\bin\ssv.dll
O9 - Extra button: Referencia - {92780B25-18CC-41C8-B9BE-3C9C571A8263} - C:\ARCHIV~1\MICROS~2\OFFICE11\REFIEBAR.DLL
O9 - Extra button: FlashGet - {D6E814A0-E0C5-11d4-8D29-0050BA6940E3} - C:\ARCHIV~1\FlashGet\flashget.exe
O9 - Extra 'Tools' menuitem: FlashGet - {D6E814A0-E0C5-11d4-8D29-0050BA6940E3} - C:\ARCHIV~1\FlashGet\flashget.exe
O9 - Extra button: (no name) - {e2e2dd38-d088-4134-82b7-f2ba38496583} - %windir%\Network Diagnostic\xpnetdiag.exe (file missing)
O9 - Extra 'Tools' menuitem: @xpsp3res.dll,-20001 - {e2e2dd38-d088-4134-82b7-f2ba38496583} - %windir%\Network Diagnostic\xpnetdiag.exe (file missing)
O9 - Extra button: Yahoo! Messenger - {E5D12C4E-7B4F-11D3-B5C9-0050045C3C96} - C:\Archivos de programa\Yahoo!\Messenger\YahooMessenger.exe
O9 - Extra 'Tools' menuitem: Yahoo! Messenger - {E5D12C4E-7B4F-11D3-B5C9-0050045C3C96} - C:\Archivos de programa\Yahoo!\Messenger\YahooMessenger.exe
O9 - Extra button: Messenger - {FB5F1910-F110-11d2-BB9E-00C04F795683} - C:\Archivos de programa\Messenger\msmsgs.exe
O9 - Extra 'Tools' menuitem: Windows Messenger - {FB5F1910-F110-11d2-BB9E-00C04F795683} - C:\Archivos de programa\Messenger\msmsgs.exe
O11 - Options group: [INTERNATIONAL] International*
O16 - DPF: {193C772A-87BE-4B19-A7BB-445B226FE9A1} (ewidoOnlineScan Control) - http://downloads.ewido.net/ewidoOnlineScan.cab
O16 - DPF: {4F1E5B1A-2A80-42CA-8532-2D05CB959537} (MSN Photo Upload Tool) - http://ami1899.spaces.live.com//PhotoUpload/MsnPUpld.cab
O16 - DPF: {8E0D4DE5-3180-4024-A327-4DFAD1796A8D} (MessengerStatsClient Class) - http://messenger.zone.msn.com/binary/MessengerStatsClient.cab31267.cab
O16 - DPF: {D27CDB6E-AE6D-11CF-96B8-444553540000} (Shockwave Flash Object) - http://fpdownload2.macromedia.com/get/shockwave/cabs/flash/swflash.cab
O17 - HKLM\System\CCS\Services\Tcpip\..\{80307730-3AFF-44E9-A7B0-0DC3B88D63BC}: NameServer = 200.89.96.4 200.89.112.2
O18 - Protocol: livecall - {828030A1-22C1-4009-854F-8E305202313F} - C:\ARCHIV~1\MSNMES~1\MSGRAP~1.DLL
O18 - Protocol: msnim - {828030A1-22C1-4009-854F-8E305202313F} - C:\ARCHIV~1\MSNMES~1\MSGRAP~1.DLL
O20 - Winlogon Notify: WgaLogon - C:\WINDOWS\SYSTEM32\WgaLogon.dll
O23 - Service: avast! iAVS4 Control Service (aswUpdSv) - Unknown owner - C:\Archivos de programa\Alwil Software\Avast4\aswUpdSv.exe
O23 - Service: avast! Antivirus - Unknown owner - C:\Archivos de programa\Alwil Software\Avast4\ashServ.exe
O23 - Service: avast! Mail Scanner - Unknown owner - C:\Archivos de programa\Alwil Software\Avast4\ashMaiSv.exe" /service (file missing)
O23 - Service: avast! Web Scanner - Unknown owner - C:\Archivos de programa\Alwil Software\Avast4\ashWebSv.exe" /service (file missing)
O23 - Service: Apache Tomcat (Tomcat5) - Unknown owner - C:\Archivos de programa\Apache Software Foundation\Tomcat 5.5\bin\tomcat5.exe" //RS//Tomcat5 (file missing)