No hace falta complicarte tanto, por qué no conectas tu disco esclavo como maestro? y te ahorras el trabajo de la clonación.
Formateas el otro disco estando ya en esclavo y te queda como nuevo, mientras sigues usando el que tiene el SO en buen estado.

El tema de la imagen puede venir por los tamaños de las particiones/disco o bien porque tengan un sistema en NTFS y otro en FAT32.

Saludos