Hola redolfo... Para aclararte primero tus dudas:
1.- Las herramientas
instaladas (como cualquier otro anti-spyware) de preferencia pasalas en Modo seguro.
2.- El Killbox lo puedes hacer en modo normal o seguro, el regedit tambien.
3.- La opcion de habilitar el sistema de recuperacion, lo puedes hacer ahora.
4.- Los escaneos online, lo haces en modo normal.
5.- Si puedes eliminar el archivo:
winlogin.exe-llkskdfkk.p
6.- Sobre las llaves del Winlogin, las puedes borrar.
Ahora mis preguntas
¿borrastes los archivos que te encontro los antivirus online?
Sobre el eDonkey, mira este articulo sobre
P2P con Spywares y sin spywares
Los pasos:

Sigue los primeros
9 Pasos
SaLu2.