Hola

Bueno, respecto a las carpetas que no puedes eliminar por tener procesos ejecutándose, prueba esta utilidad: Process Explorer, co nella podrá sver todo lo que se esté ejecutando y podrás cerrar cualquier ejecutable o dll en memoria, permitiéndote así eliminar las carpetas mencionadas.

Si después de eso te sigue apareciendo el problema, trata de mandarnos u nuevo log para poderlo revisar.

Sobre el linux y el modo seguro, dberías tener al menos un segundo de opción después de pasar por el selector de arranques del Linux.

Suerte

Felicidad