Por su puesto, borrara todos los datos, incluye programas, sistema operativo, datos de usuario, absolutamente todo, el disco quedara como recien salido de fabrica, es decir sin nada.

Si no tienes los discos de instalacion va a estar bien dificil hacer la particion boba, imagina q en los sectores dañados hayan archivos, o este en la mitad de la particion..... tendrias q mover muchas cosas para poder hacer la particion boba a parte de q lo mas seguro es q el sistema deje de arrancar, asi que lo mas recomendable seria que cambies de disco, de todas formas un disco con un daño fisico puede morir en cualquier momento, asi q no es confiable tnerlo.

Saludos