Hola

Para ver si tienes más de un disco y sus distribuciones, lo puedes hacer con el mismo fdisk, si mal no recuerdo, la opción 5 es cambiar de disco.

Para copiar el boot.ini, puedes hacerlo de una de estas dos maneras:

Si arranca el sistema, desde el explorador de archivos tras activar la opción de ver archivos ocultos y de sistema. Cópialo a un diskette que sepas que está en buen estado.

Si el sistema no arranca, desde un diskette de arranque, escribe esto:
attrib -r -a -s -h c:\boot.ini
copy c:\boot.ini a:\boot.bak


Con eso habrás hecho una copia del boot.ini en tu diskette con el nombre boot.bak, si tuvieras que volver a pasarlo al disco, haz estos pasos:
copy a:\boot.bak c:\boot.ini
attrib +r +a +s +h boot.ini

De todas formas, piensa en la opción de formatear ya que si un sistema es totalmente inútil, no vale la pena tenerlo ahí gastando espacio de disco.

Felicidad