Hola

Windows Me no puede leer la partición de windows 2000, al menos no puede si la instalaste con formate NTFS.

De todas maneras, lo único que has de hacer, es tener cuidado de en que partición lo instalas, en principio, supongo que tienes el Me en la unidad C y el 2000 en la D, si es así, reinstala el Me en la Unidad C y listo, el 2000 no debería afectarse.

Lo único que te puede pasar debido a la forma en la que trabaja Microsoft, es que pierdas el menú de arranque en el que puedes elegir los sistemas, si eso pasa, tendrás que reinstalar el 2000 también, pero seguramente no pase.

Felicidad