Los archivos temporales son eso, temporales, archivos que no son indispensables para el funcionamiento del sistema operativo y sus aplicaciones. Los puedes eliminar de forma periodica para evitar que acaben ocupando mucho espacio en el disco duro.

En el caso de las cookies puedes tener problemas, como volver a tener que hacer login en un sitio web al cual te identificabas sin necesidad de hacer login y derivados, pero nada grave.

Si el equipo va lento:
- Desfragmenta el disco duro
- Limpia el registro
- Mira las aplicaciones y servicios que están en ejecución y deshabilita aquellos que no sean necesarios
- Mira si algún proceso o servicio usa más CPU o memoria virtual de lo normal, los firewalls y antivirus pueden influir
- Mira que la memoria virtual sea aproximadamente del doble de la memoria RAM
- Analiza el sistema por si tuvieras algún malware
- Repara problemas de Windows con el Norton System Doctor (viene con el Norton Utilities y el SystemWorks)
- Etc