Te aconsejo que las particiones las hagas antes con el Partition Magic o similar, tienes que crear dos particiones, una ext2 para el sistema y otra (llamada swap) para el swapping. La partición swap con 256 megas de tamaño ya vas bien.

Piensa que cuando lo instales no verás ni C: ni D: por lo que es posible que no sepas donde tengas que instalarlo, te tienes que fijar en el sistema de archivos. El punto / se lo asignas a la partición ext2 (te recomiendo que en el programa de instalación de linux cambies ext2/3 por reiserfs).

Yo no he instalado knoppix pero supongo que te detectará las particiones y decidirá en cual instalarse.