En realidad los programas no los puedes pasar, a menos de que quieras editar unas cuantas cientos de lineas del registro para poner la ubicacion donde ahora estaran, tal vez hasta sean miles, de pende de los programas, por otro lado por funcionamiento optimo, los programas siempre deben estar en la misma particion donde esta windows, y en realidad no vale la pena ponerlos en la otra particion, a menos que tengas tantos programas que se lleven mucho espacio, lo cual, una instalacion con gran cantidad de programas c lleva aprox 8Gb, pero si el sistema hay q reinstalarlo tambien los programas.
Mi recomendacion es que pases "mis documentos" a la otra particion para proteger tus datos, y dejar el sistema con los programas en la particion C:\