Ve a inicio> ejecutar y escribe:

netsh winsock reset

Reincia y prueba, si te ocurre lo mismo escribe

netsh int ip reset c:\resetlog.txt

Tendrás que volver a configurar las propiedades de TCP/IP, apunta la IP, puerta de enlace, máscara de subred y los servidores DNS. Tambiñen tendrás que volver a deshabilitar NetBIOS

Que sigue igual, prueba el WinsockXPFix

Si se te sigue cortando la conexión dime qué conexión tienes, qué router/modem tienes y la configuración que tienes puesta en Preferencias> Conexión del eMule + cuantos archivos estás descargando y cuantas fuentes en total suman esos archvios.