Justo en el enlace que te deje para la descarga de RegSeeker tienes un completo manual del programa, así que deberías leerlo.

Puedes eliminar todo lo que te detecte, es más te recomiendo que lo pases varias veces hasta que no te detecte nada.

El único cuidado que has de tener es tener siempre marcada la opción de "backup antes de suprimir", así si RegSeeker eliminara algo por error, puedes recuperar ese backup que hace RegSeeker.

Pocos son los programas con los que RegSeeker se pueda mostrar agresivo, yo hasta ahora sólo he visto problemas con algunos de los últimos softwares de HP y con NTI CD & DVD-Maker. Si tienes alguno de estos programas trata de no eliminar las entradas que tengan que ver con ellos. De todos modos, si por cualquier casual se dañaran, basta con recuperar el backup o reinstalar la aplicación dañada.

Saludos