Para guardar las direcciones escritas y demás, abre el regedit.exe y ve hasta:

HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Internet Explorer\ ahí selecciona los que quieras guardar, haces clic con el botón secundario del mouse sobre la subclave que quieras guardar y le das a Exportar, le das un nombre y listos, repite la operación tantas veces como cosas quieras guardar.

Para volver a ponerlos, sólo tienes que ejecutar los archivos .reg y aceptar el mensaje.

Desde ahí no puedes guardar cosas como los favoritos:

C:\Documents and Settings\Tu Usuario\Favoritos\
C:\Documents and Settings\All Users\Favoritos\

El Historial:

C:\Documents and Settings\Tu Usuario\Configuración Local\Historial\

Para volver a colocar esos datos sobrescribe los directorios.

Sobre los enlaces que no funcionan.. sólo coincido con Vicente en una lista de correo, no tengo trato personal. Mándale un correo diciendole los enlaces que no funcionan y ya los arreglará o te dirá donde conseguir la información o descarga. Es normal que tenga enlaces que no funcionan, hay muchos enlaces. De todas formas puedes intentar buscar la información que te interesa en google.es.