Efectivamente hay programas para encriptar intrusos pero estos no se instalan solos, necesitan un operario que los ejecute en tu pc y para eso tiene que entrar.

La inmensa mayoría de las infecciones son automáticas, segun el tipo de infección se puede instalar un troyano que deje una puerta abierta a dicho "operario" que sabe que existe ese troyano y busca ordenadores con esa puerta abierta.

A los intrusos se les detecta porque hacen algo, si solo estuviera en un pc sería muy dificil identificarlos, pero lo cierto es que se acaban usando en muchos de ellos y al final acaban entrando en las listas de los antivirus y otros antiparásitos por lo que no los eliminamos nosotros sino dichos programas.