Si no lo he entenido mal, has "comprimido" la carpeta en un sólo archivo (zip o rar) para subirla a la página de Kaspersky y sea analizado. Bien, en primer lugar no es necesario subir toda la carpeta, ya que puede contener archivos que, a través de ellos no te puedes infectar. Como por ejemplo, archivos .gif, .jpg (si has instalado la actualización que soluciona el problema de los virus en las imágenes jpg), y tal.
Si crees que la infección se ha producido mientras navegabas, analiza los .html sólo.

En cualquier caso, yo me ofrezco para analizar esos archivos. Si por casualidad, se encontrase entre los archivos alguno que de forma autónoma (por el mismo, ejecutándolo) pudiera producir la infección, podría decirte exactamente que ha hecho esa "pieza de código". Que parece ser que es lo que tratas de averiguar.

En cuanto a de qué virus se trata, pues es difícil de decir, ya que cabe la posibilidad de que esos síntomas se correspondan a un único virus, a varios e incluso a algún otro problema....

En cuanto a lo que te comenta Outsider de los rootkits, primero te digo más o menos en qué consiste un rootkit:

El término rootkit es bastante viejo, de cuando UNIX "dominaba" (no existía Windows), basicamente eran herramientas a través de las cuales un usuario podía conseguir privilegios de root (administrador/súper usuario). En la actualidad, hay rootkits o se pueden aplicar esas técnicas en la mayoría de sistemas operativos.

La misión de un rootkit es la de hacer indetectable "algo" y prevenir que el adminstrador pueda eliminarlo del sistema. Se puede hacer "a mano" modificando archivos del sistema (por ejemplo, se puede modificar el netstat.exe para que NO muestre conexiones de determinadas IP o en determinados puertos o protocolos) o usando ya aplicaciones pre-fabricadas. Es cuestión de gustos.

De éste tema me gustaría hablar más extensamente pero no tengo mucho tiempo ahora, resumo. El caso es que a día de hoy, muchos virus, troyanos y malware utilizan técnicas propias de un rootkit, unos ejemplos son "EliteToolbar", "Myfip.h", etc.....

En tu caso concreto, que ha deshabilitado el administrador de tareas (para que no puedas finalizar el proceso o verlo), cabe la posibilidad de que haya modificado más cosas.

Tema antivirus y rootkits: Cuando se ha ocultado algún archivo, un antivirus, por norma general no puede detectarlo (no puede detectar lo que no ve). Los antivirus detectan o deberían detectar los rootkits.

En cuanto a cómo detectarlo, pues como te digo no es fácil y depende si el malware ha utilizado técnicas de un rootkit o ha usado un rootkit, en tu caso pienso que es lo primero, ya que los rootkits son más utilizados por atacantes que ya han obtenido acceso al sistema. De todas formas te dejo un enlace a una utilidad para detectar algunos rootkits y donde podrás encontrar algo más de información: RootkitRevealer

Viendo tu problema de forma global y si le quito todo el interés que tengo yo (y quizás tú también) en saber qué es lo que ha ocurrido, cómo ha ocurrido y qué lo ha provocado..... me queda una única recomendación, ya que el sistema ha sido modificado no puedes confiar en él, ni el antivirus ni otras aplicaciones, por lo tanto, te recomiendo que que reinstales el sistema operativo... previo al formateo del disco duro o partición donde estaba instalado. Una vez reinstalado el sistema operativo, instaladas todas las actualizaciones de seguridad y otras medidas de seguridad (instalar un firewall, antivirus, anti-spyware, etc), analiza los archivos que hayas salvado (tus documentos, películas y otra información) con un antivirus por si ha quedado algún archivo infectado.