Hola, softwarehard. Bienvenido al foro. Bueno, vamos por partes...
El 'Restaurar Sistema' no se elimina, simplemente se deshabilita temporalmente (no es nada recomendado eliminarlo). Obviamente, los puntos de restauración desaparecen, pero cuando tú limpias el registro con el RegSeeker (por ejemplo) tienes la opción de hacer un backup antes de suprimir, así puedes recuperar las entradas borradas... Pero el RegSeeker es un programa que por lo general, las personas que lo han usado (en mi experiencia el 100% de las veces) no tienen ningún problema por haber borrado algo necesario.
Otra cosa es si tú entras en el registro y por tú propia cuenta borras algo que no deberías haber borrado... En ese caso... No sabría decirte si puedes hacer un backup, aunque supongo que habrá alguna manera...
Saludos
Reitxelle